Dobrovoľné návraty do krajiny pôvodu predstavujú od roku 1999 pre IOM Bratislava jeden z ťažiskových programov. Právny rámec programu sa opiera o Dohodu o spolupráci medzi Medzinárodnou organizáciou pre migráciu a Ministerstvom vnútra Slovenskej republiky o pomoci pri návrate neúspešných žiadateľov o azyl a ilegálnych migrantov do krajiny pôvodu, ktorá bola uzavretá v roku 1998. IOM a možnosť dobrovoľného návratu do krajiny pôvodu sú uvedené aj v zákonoch o azyle č. 480/2002 Z.z a zákona o pobyte cudzincov č.48/2002 Z.z. Podľa § 44 ods. 2 zákona o azyle „Ministerstvo spolupracuje s Medzinárodnou organizáciou pre migráciu pri zabezpečovaní vycestovania cudzincov, ktorí sa chcú dobrovoľne vrátiť do krajiny pôvodu alebo vycestovať do tretej krajiny“.

Cieľom programu je pomáhať pri návrate migrantom, neúspešným žiadateľom o azyl a ilegálnym migrantom, ktorí si želajú vrátiť sa zo Slovenska do krajiny pôvodu.

Hlavné aktivity programu zahŕňajú poskytovanie informácií a návratového poradenstva migrantom, pomoc pri zabezpečení náhradných cestovných dokumentov, prípravu cestovného plánu, zabezpečenie návratu, asistenciu pri odlete zo Slovenskej republiky a asistenciu v tranzitných krajinách.

IOM poskytuje migrantom pomoc pri návrate bezplatne. Migrantom tak nevznikajú žiadne náklady spojené s vybavovaním dokladov či so zabezpečením samotnej dopravy.

Medzi kľúčové atribúty návratu s IOM patria dobrovoľnosť, bezpečnosť, dôstojnosť a diskrétnosť. Dobrovoľnosť znamená, že migrant sa v ktorejkoľvek fáze návratu môže rozhodnúť, že sa do krajiny pôvodu nevráti. Bezpečnosť návratu zaručuje sieť viac ako 300 kancelárií IOM vo viac ako 100 štátoch sveta, ktoré zabezpečia asistenciu na letiskách a tiež v rámci dopravy migranta z letiska do jeho domova v krajine pôvodu. Dôstojnosť návratu vyplýva zo skutočnosti, že migrant sa vracia domov ako turista. IOM taktiež dodržiava zásadu diskrétnosti, v rámci ktorej je zaručená anonymita a utajenie osobných údajov žiadateľov. O rozhodnutí, ktoré migrant urobí, teda nie sú informované ďalšie osoby, ktoré by mu prípadne mohli brániť v odchode alebo ho psychicky či fyzicky obmedzovať.

Od roku 2001 do roku 2008 sa s pomocou IOM v rámci návratového programu vrátilo zo Slovenska domov viac ako 900 neúspešných žiadateľov o azyl a ilegálnych migrantov. IOM Bratislava tak pomohla v priemere vyše 100 migrantom ročne.