Okrem nosných aktivít v oblasti asistovaných dobrovoľných návratov, obchodovania s ľuďmi, a integrácie migrantov IOM Bratislava realizuje ďalšie rôznorodé projekty v oblasti manažmentu migrácie podľa aktuálnej situácie a potrieb alebo podľa požiadaviek vlády a donorov. V uplynulých rokoch šlo najmä o koordináciu aktivít Európskej migračnej siete; výskum a budovanie kapacít v oblasti pracovnej migrácie a v oblasti migrácie a zdravia, projekty zamerané na stabilizáciu zraniteľných komunít na východnom Slovensku (v spolupráci s partnerskými MVO) a humanitárne a sociálne programy s cieľom poskytnúť humanitárnu pomoc osobám prenasledovaným počas druhej svetovej vojny.